Reklama podprogowa od czasu jej opracowania cały czas budzi kontrowersje. Pomimo licznych badań nad wpływem wyświetlanych przez ułamki sekund obrazów, kwestia ich wpływu na ludzką świadomość nadal stoi na pograniczu nauki i fikcji.
Czy telewizja potrafi wywierać na nas wpływ, podczas gdy my nawet nie zdajemy sobie z tego sprawy? Czy zamaskowane w głównym przekazie obrazy, wyświetlane pomiędzy klatkami filmu potrafią zmusić nas do kupienia reklamowanego produktu? I w końcu – czy takie reklamy w ogóle istnieją?
Aby rozpocząć rozważania na temat reklamy podprogowej trzeba najpierw zbadać, czym jest sama percepcja podprogowa, rzekomo pozwalająca nam na odczytywanie ukrytych przekazów. Zgodnie z ogólnie przyjętą definicją, percepcja podprogowa, zwana także subliminalną, jest percepcją pozwalającą na nieświadome postrzeganie informacji, które następnie mają wpływ na pracę mózgu. Aby móc świadomie zaobserwować sygnały wzrokowe musi być on wyświetlany co najmniej 0,05 sekundy. Poniżej tego czasu, według zwolenników teorii percepcji podprogowej, ludzka świadomość nie nadąża z przetwarzaniem informacji i przekaz ten pomimo że trafia do mózgu, nie zostaje jednak przez nią odebrany? W związku z tym wśród zwolenników tej teorii powszechna jest opinia jakoby podprogowy przekaz nie wywoływał świadomej refleksji, co czyni ludzi podatnymi na dowolne, zawarte w ukrytym przekazie sugestie. W takiej formie przekaz miałby być odbierany przez ludzką świadomość dopiero po uznaniu go za własną potrzebę lub ideę.
Najbardziej znaną formą reklamy podprogowej jest umieszczanie pojedynczych klatek z reklamami pomiędzy klatki właściwego filmu. Znane są również próby kodowania ukrytych przekazów w ścieżkach dźwiękowych, nawet na albumach muzycznych. W takim jednak przypadku nie chodziło o reklamy produktów a o ukrycie przekazu. Najsłynniejszym przykładem takiego typu przekazu, a właściwie teorią jakoby taki istniał, jest chyba przykład albumu Stained Class zespołu Judas Priest, gdzie rzekomo miano ukryć przekaz nakłaniający do samobójstwa.
Podprogowa reklama komercyjnych produktów również jednak wzbudza ogromne kontrowersje. Pierwsze próby wpływania na widzów za pomocą niewidocznych obrazów miały miejsce już w roku 1957, kiedy to Amerykanin James Vicary podmienił oryginalne klatki filmu wyświetlanego w samochodowym kinie na klatki z sugestiami: „pij Colę” oraz „jedz popcorn”. Badania prowadzone przez Vicarego dowiodły skuteczności reklamy, jednak sam twórca eksperymentu przyznał po pewnym czasie, że wyniki zostały sfabrykowane oraz celowo fałszywie zinterpretowane. Mimo to, niektórzy badacze twierdzą, że podprogowe przekazy były wielokrotnie umieszczane w filmach, zarówno kinowych jak i telewizyjnych. Ze względu na brak obiektywnych badań w tym zakresie oraz brak jednoznacznej odpowiedzi dotyczącej wpływu na ludzkie zachowanie ukrytej formy reklamy, mimo wszystko zakazano tego typu praktyk.
Zapis zabraniający stosowania reklamy podprogowej znalazł miejsce m.in. w ratyfikowanej również przez Polskę Konwencji o Telewizji Transgranicznej. Ponowne badania nad zjawiskiem, w większej skali, były powtarzane jeszcze dwukrotnie – w 1998 roku oraz 2005. Obydwa badania wykazały, że niektórzy ludzie poddani eksperymentowi wykazywali poddanie się sugestiom oraz zauważono również u nich zwiększoną aktywność prawej części ciała migdałowatego . Obydwa eksperymenty nie potwierdziły ani nie obaliły jednoznacznie hipotezy.
Brak jednoznacznych odpowiedzi na stawiane pytania nadal prowokuje powstawanie teorii spiskowych oraz stawia reklamę podprogową i badania nad nią w dziale paranauki obok parapsychologii.